幕末の京都。会津藩の下で治安を守る新撰組の一部が離脱、“御陵衛士”を名乗って活動していた。その頃、会津を脱藩した浪人・山川桜七郎（上川周作）は、賭場の用心棒として雇われていた。その雇い主である胴元の侠客・水野弥三郎（福本清三）に御陵衛士の篠原泰之進（渡辺謙作）、藤堂平助（村井崇記）が資金繰りの相談をしているところへ、九州の菓子屋の息子・松之助（池内祥人）が賭け金の持ち逃げで引っ立てられてくる。同郷と知った篠原が松之助を救い、藤堂らと出ていこうとしたその時、陰間乞食・惣吉（松本薫）が襲い掛かる。篠原が咄嗟に惣吉の脇腹を斬るのと同時に、藤堂の前に立ちはだかったのは桜七郎。刀を交える中、藤堂は桜七郎に侍としての共感を抱き、御陵衛士への合流を誘う。しかし、桜七郎は無言で立ち去る。一方、松之助は屯所の下男として盟主・伊東甲子太郎（高岡蒼佑）ら御陵衛士の仲間から快く迎え入れられていた。その様子をじっと見つめる斎藤一（塩顕治）。一方、新撰組局長・近藤勇（山本浩司）と副長・土方歳三（大西信満）は、新撰組を脱退せんとする伊東、藤堂、斎藤らに対して、新撰組が武士として出世を認められたことを伝える。だが、伊東は立場の違いを鮮明にし、両者の遺恨は深まっていく。そんな中、近藤の命を受けた新撰組の大石鍬次郎（佐々木詩音）は、組を抜けて討幕派に傾いた武田観柳斎（渋川清彦）の暗殺を計画。ところが、その場に現れ、武田を手にかけたのは御陵衛士であるはずの斎藤だった。一方、賭場を追われた桜七郎は、金の無心に訪れた会津藩邸で御陵衛士の不義理な行いを知り、伊東の元に乗り込む。伊東の恋人、島原輪違屋の花香太夫（土居志央梨）、惣吉を救う病持ちの夜鷹・お鈴（辻凪子）、“男など皆死んでしまえ”と嘯きながら侍に阿片を売るお染（和田光沙）らを巻き込み、新撰組と御陵衛士の対立は激化。やがて“油小路の変”の惨劇に繋がっていく……。