繰り返される環境破壊により、人の住めなくなるほどに地上が汚染された時代。地下開発を目指した人類は、その労働力として、人工生命体マリガンを創造する。ところがその地下も、自我に目覚め、人類に反乱を起こしたマリガンによって乗っ取られてしまう。それから1600年。遺伝子操作で永遠とも言える生命を得た人類は、その代償として生殖能力を失っていた。そんな人類に新種のウイルスが襲いかかり、人口の30%が失われる。絶滅の危機に瀕した人類は、独自に進化していたマリガンの調査を開始。政府が募集した地下調査員に名乗りを上げたのは、生徒が激減したダンス講師の“主人公”だった。地下に潜入し、“死”と隣り合わせになることで命を実感した主人公は、マリガンたちと協力し、人類再生の道を探る。そして今、広大な地下世界の迷宮で、クセ者ぞろいのマリガンとの奇想天外な冒険が始まる……。