1942年、ナチス占領下のフランス。ピレネー山脈の麓の小さな村に住む13歳の少年ジョー（ノア・シュナップ）は、生活の大半を羊飼いとして過ごしていた。そんなある日、彼が出会ったのは、ユダヤ人のベンジャミン。ベンジャミンは、ユダヤ人の子どもたちを秘密裏に安全なスペインへ逃がすという危険な計画を企てていた。そして、その計画を手伝うことになるジョー。その一方でジョーは、個人的な悲しみの感情を共有することで、ドイツ軍の下士官とも親しくなっていた。ドイツの労働収容所から帰国したジョーの父親は荒れていたが、ジョーのユダヤ人救出作戦への関与が明らかになると、協力を約束。村人たち一丸となって子どもたちを逃す日が迫ってくるが、ベンジャミンが待つ娘アーニャがやって来ない。救出作戦は成功するのか……？そして、アーニャは村に現れるのか……？