都会での生活が苦しくなったフィービー（マッケナ・グレイス）と母と兄（フィン・ウルフハード）の一家は、田舎町へと引っ越す。地殻プレートや断層、採掘場やライブハウスさえもないにも関わらず、この街では30年間にわたり原因不明の地震が頻発していた。荒れ果てた小麦畑に祖父が遺した古びた屋敷で暮らし始めたフィービーは、リビングの床に奇妙な仕掛けが施されているのに気づく。パズルのように床をスライドさせると、床下に謎の装置が隠されていた。さらにフィービーが屋敷を探っていくと、祖父の地下研究室で見たことのないハイテク装備の数々を目にする。そして、ゴーストを捕獲するための装置・プロトンパックを見つける。祖父が、かつてゴーストだらけだったニューヨークを救ったゴーストバスターズの一員だったことを知ったフィービーは、床下で見つけたゴーストトラップと呼ばれる装置を誤って開封してしまう。すると、不気味な緑色の光が解き放たれ、それをきっかけに、街ではさらなる異変が起こり始める……。