クリスマス直前のワシントン。司法局に勤める女性職員エリザベス・クインの惨殺死体が発見され、有力な容疑者としてカール・アンダーソン（ライアム・ニーソン）が逮捕された。同じ頃、最高裁のローウェル判事（トーマス・バーバー）が原因不明の自殺を遂げた。事件を担当することになった官選弁護人のキャスリーン・ライリー（シェール）はカールが耳も聞こえず、声も出せない失語症であることを知り、持ち前の粘り強さで聴取を続けていく。やがてヘルムス判事（ジョン・マホーニー）の担当のもと第1回の審理が始まり、キャスリーンはチャーリー・ステラ検事補（ジョー・マンティーニャ）と白熱の論義を繰り返す。12人の陪審員の中には、若きロビイスト、エディ・サンガー（デニス・クエイド）がおり、事件に疑問を持ち独自に調査を始め、キャスリーンに協力を申し出た。だが裁判当事者と陪審員との法廷外接触は裁判の公正のもとに禁じられており、キャスリーンは協力をことわったが、何者かに襲われるのをエディが救ったりして、知らず知らず協力し合うようになった。捜査を続けていくうちに、事件現場近くで大統領の紋章入り金バッジを見つけたが、どうやらそれは司法省副長官のポール・グレイ（フィリップ・ボスコ）のものであるらしかった。そして事件は、グレイが元検事だった20年前の裁判と関係があることを突きとめた。だが2人が一緒にいるところをヘルムス判事に目撃され、2人が接触しないように陪審員は皆隔離されてしまう。キャスリーンはエリザベス・クインの車の中から、彼女が吹き込んだ重大な告白のテープを発見する。それは、20年前のある事件の裁判で、故意に容疑者であった要人を無罪にしたために、当時の裁判関係者が現在は主要な高い地位に就いていることを暴き出したものであった。そしてその担当の判事の名を探り当てた時、キャスリーンはまたもや何者かに襲われるが、宿舎のホテルを脱け出したエディによって救われる。次の日、エリザベス殺しの裁判に、キャスリーンはポール・グレイを証人として呼び、その目の前で、20年前の事件の担当者はヘルムス判事であり、エリザベス殺しも彼の仕業にほかならないことを暴きたてた。かくしてキャスリーンは、カールの無実を証明したのだった。