世界最大のスポーツの祭典『WSG－ワールド・スポーツ・ゲームス－』の東京開催を控えた日本。その開会式に併せて、日本の技術を総集結した、最高時速1000kmを誇る世界初となる真空超電導リニアが、新名古屋駅と東京に新設される芝浜駅間に開発されることが発表された。世界中から注目されるなか、名だたる大会スポンサーが集まるパーティー会場で突如事件が発生する。企業のトップが相次いで拉致され、その裏には事件を監視するFBI捜査官・赤井秀一（声：池田秀一）と、彼からの指令を待つFBIの姿があった。コナン（高山みなみ）の推理により、15年前にアメリカ・ボストンで起きたWSG連続拉致事件との関連性が浮かび上がる。そして、当時の事件もFBIの管轄だったことが判明するが、はたしてこれは偶然なのか？ 世界中から大勢の人々が集まる日本で、これから何が起ころうとしているのだろうか……？