<奇跡の花>を手にした者は、永遠の命を手にする……。アマゾンに伝わる不老不死の伝説の秘宝を追い求め、並外れた行動力と探求心を兼ね備えた博士リリー（エミリー・ブラント）は、ミステリアスで危険に満ちたアマゾンのジャングルへと旅立つ。彼女が相棒に選んだのは、クルーズ・ツアーの船長フランク（ドウェイン・ジョンソン）。彼は、ジャングルに生息する珍しい動物やスリルあふれる先住民の村、そして“滝の裏側”など名所の数々を、ジョークを交えながら観光客相手にガイドをする、ジャングルを知りつくした男だった。だが、そんなフランクにも奇跡の花を探すある理由があった。目的の場所は「伝説に近づく者は呪われる」といわれる、アマゾンの上流奥深くの“クリスタルの涙”。はたして、そこで彼らを待ち受ける、謎に包まれた“恐るべき真実”とは……。