今からおよそ100年前、プレートのずれにより、水没によって多くの国土を失った日本。国土保全のため、次々と築かれた水上都市はいつしか海上都市となり、それらを結ぶ航路の増大に伴い、海の安全を守る職業“ブルーマーメイド”が女生徒たちの憧れとなっていた。そんなブルーマーメイドに憧れ、横須賀女子海洋学校に入学した岬明乃（声：夏川椎菜）は、航洋艦・晴風の艦長に任命され、クラスのメンバーと共に海洋実習に参加する。艦を動かし、目的地へと向かうだけの安全な航海のはずが、彼女たちを待ち受けていたのは、数々の危機だった。教員艦からの突然の発砲、暴走する他学生艦との戦闘、救難船の救護活動……。困難を乗り越え、無事に帰還した彼女たちは、固い絆で結ばれる。その騒動から1ヶ月、テスト休みを満喫する晴風メンバーに、新たな危機が訪れる。なんと、晴風クラスが解体されるというのだ。動揺しながらも、再び一丸となってクラスの解体を阻止したことで、さらに絆を深めていく晴風メンバー。さらにその３ヶ月後。横須賀では、呉・舞鶴・佐世保を含めた全女子海洋学校の生徒が一堂に会して文化祭と体育祭を行う“競闘遊戯会”が開催されることに。明乃たち晴風クラスのメンバーも、歓迎祭の準備に追われていた。大和・信濃・紀伊など超大型艦のクラスも集い、様々な演し物や競技で賑わう中、再び彼女たちに新たな危機が訪れる……。