1976年6月27日。イスラエルのテルアビブを飛び立ったパリ行きのエールフランス機が、重武装した4人のテロリストにハイジャックされる。犯人のうち2人は、パレスチナ解放人民戦線・外部司令部（通称：PFLP-EO）のパレスチナ人メンバー。残る2人は、パレスチナの大義に同調するドイツ極左の過激派グループ“革命細胞”（通称RZ）のメンバー、ヴィルフリード・ボーゼ（ダニエル・ブリュール）とブリギッテ・クールマン（ロザムンド・パイク）だった。事件の一報がイスラエルの首相イツハク・ラビン（リオル・アシュケナージ）にもたらされたのは、国防大臣シモン・ペレス（エディ・マーサン）と国防費を巡って駆け引きを繰り広げていた閣議の最中。そして、乗客239人のうち83人がイスラエル人であることが判明する。やがて飛行機はイスラエルから4,000km離れたウガンダのエンテベ空港に着陸。アミン大統領（ノンソー・アノジー）の出迎えを受けた後、一行は空港ビルの旧ターミナルに監禁される。ハイジャック犯は、500万ドルと世界各地に収監されている50人以上の親パレスチナ過激派の解放を要求。多数の自国民を人質に取られたラビン首相は、交渉の道を探りつつ、態度を保留。一方、テロリストとの交渉に反対する国防大臣ペレスは、士官たちと秘密裏に人質奪還計画の検討を開始する。そして、多数の人質を取ったハイジャック犯たちの中でも、葛藤が続いていた。刻一刻と迫るタイムリミット。果たして、事件に関わった人々の運命は……？