雪が降り続く冬のある夜、ヒーロー社会を破壊しようと目論むヴィラン・死柄木弔（声：内山昂輝）たちが、密かに“何か”を運ぼうとしていた。彼らの動きを事前にキャッチしたプロヒーローたちが現場に駆け付け、激しい戦いを繰り広げるなか、その“何か”は、仲間とともに去って行く。そのころ、出久（山下大輝）や爆豪（岡本信彦）たち雄英高校ヒーロー科1年A組の一行は、日本のはるか南に位置する離島・那歩島にいた。引退したNo.1ヒーロー・オールマイトの跡を継ぐ“次世代のヒーロープロジェクト”の一環として、クラス全員で期間限定の校外ヒーロー活動のために、駐在ヒーローとして島の人々の生活を助けているのだ。しばらく大きな事件が起きていない平和な島でのんびりとした時間を過ごしていた矢先、突如謎の敵ヴィランたちが那歩島に襲来し、次々と島の施設を破壊していく。それを指揮しているのはナイン（井上芳雄）。1年A組のメンバーは協力してヴィランに立ち向かうが、ナインの圧倒的な個性と力を前に太刀打ちできない。ナインたちが那歩島を襲撃した理由とは？ そして、出久たちはヴィランから島民たちを守ることができるのか？