2010年、太一（声：花江夏樹）とアグモン（坂本千夏）たちが出会い、デジタルワールドを冒険した夏から10年以上が経過した。世界中の“選ばれし子どもたち”は徐々にその存在が知られるようになり、現実世界にデジモンがいる風景も当たり前のものとなっていた。太一は大学生となり、ヤマト（細谷佳正）たちもそれぞれ歩むべき道を見定め、自身の進路を進み始めていたある日、世界中の“選ばれし子どもたち”の周囲である事件が起こり始める。デジモンを専門に研究する学者・メノア（松岡茉優）と井村（小野大輔）が太一たちの前に現れ、“エオスモン”と呼ばれるデジモンが事件の原因だと語り、助けを求める。太一たち選ばれし子どもたちは、事件解決のために再び集結する。しかし、エオスモンとの戦いのなかで、アグモンたちの“進化”に異変が起こる。その様子を見たメノアは、選ばれし子どもが大人になると、パートナーデジモンは姿を消してしまうという衝撃の事実を告げる。エオスモンの脅威は次第に太一の仲間たちにも及んでいくが、無理な戦闘はパートナーとの別れを早めることになる。変えられぬ宿命を前に、太一とアグモンの“絆”が導き出す答えとは……？