2013年、生物学者のブライアン・フッカー博士は、米国疾病対策センター“CDC”の上級研究員ウィリアム・トンプソン博士から1本の電話を受ける。それは、CDCが2004年に行った新三種混合（MMR）ワクチンと自閉症との関連性を示す研究に関する、驚くべき内部告発だった。CDCがMMRワクチンと自閉症との間の因果関係を示す決定的なデータを隠ぺいし、報告書を仕上げたというのだ。トンプソン博士からCDCの同僚が破棄したという秘密資料を受け取ったフッカー博士は、数ヶ月の間、トンプソン博士との電話のやり取りを録音する。CDCの不正に迫るため、フッカー博士はイギリス人の消化器専門博士アンドリュー・ウェイクフィールドの協力を求める。ウェイクフィールド博士は、1998年に発表した論文で、MMRワクチンが自閉症を引き起こす可能性があると指摘。これにより、反ワクチン運動を始めたと誤解され、非難を受けていた人物だ。だが、子どもたちの健康を守るために活動を続けてきたウェイクフィールド博士は、米国人の健康を守るべき政府機関が行った隠ぺいの証拠を洗い出してゆく。さらに、数々の製薬関係者や医師、政治家、ワクチン接種により健康被害を受けた子供たちの親にインタビューを敢行。急速に増加する自閉症とMMRワクチンの因果関係の研究に関する不正を明らかにしていく。