20XX年、サイボーグが日常に溶け込んでいる日本。人類は地球防衛のため、人工知能JUDA（ユダ）を開発。その計画は順調に進んでいると思えたが、ある日JUDAが人間を襲い始める。人間が核戦争を起こそうとしたことで、核戦争が地球を破滅に追いやる、それを企てる人間こそが地球の敵なのだとJUDAは判断したのだ。人間VSサイボーグの戦いは、日本を壊滅的な状況へと追い込んでいくが、そこに目をつけた軍事企業「4thダイアモンド」は“超大量破壊兵器”の開発に乗り出す。だが、その秘密兵器は完成を目前にしてテロ組織「アルカロイド」に奪われてしまう。兵器が完成すれば連合軍と最終戦争に陥る危険を察知し、自警団「レジスタンス」が立ち上がる。一方、一部の人間が、亡き後に記憶を全て消され、殺人兵器に改造されていた。自身の記憶を辿り、孤独な戦いを続ける早乙女クリス（明日花キララ）もその一人であった。そして、復讐のためにクリスの命を狙う最強サイボーグと化したダイアナ（赤井沙希）も同じだった。レジスタンス隊員の葛城ジョー（青柳尊哉）が、クリスとダイアナを救おうともがくなか、クリスは謎の少女サラと運命的な出会いを果たす。しかし、そのサラこそが、“超大量破壊兵器”SARA（天木じゅん）であった……。