ウサギの耳を頭に付けた風変わりな少女バーバラ（マディソン・ウルフ）がひとりで森にやってきて、木々に自作の“餌”を擦り付けて回る。バーバラは町に“巨人”が襲来する日が近いことに気付いていた。巨人を倒す呪文は、奇跡の大逆転を遂げた大リーガーの名前と同じ“コヴレスキー”。巨人襲来のことを誰も信じないことを承知のバーバラは、自分の殻に閉じこもっている。兄デイヴはそんな彼女を“オタク”と呼んでバカにし、家事を一手に請け負う姉カレン（イモージェン・プーツ）は妹の話を聞く暇がない。ある日、バーバラが罠の見回りをしていると、イギリスのリーズから引っ越して来た少女ソフィア（シドニー・ウェイド）が声を掛けてくるが、バーバラは無視する。新しく赴任してきたカウンセラーのモル先生（ゾーイ・サルダナ）は、バーバラの不審な行動に目を留める。イジメっ子のテイラーたち3人組がバーバラをイジメに来たとき、モル先生から呼び出されるが、バーバラはモル先生とのカウンセリングも拒絶する。誰とも交流しないバーバラだったが、またも話しかけてくるソフィアに、遂に重い口を開く。“巨人”の話を半信半疑ながら真剣に聞くソフィアに、少しずつ心を開いていくバーバラ。そして、またもバーバラをイジメにやってきたテイラーたちからソフィアが助け、2人は急接近する。だが、バーバラの行動は次第に常軌を逸していき、ソフィアでさえ「巨人はいない」と忠告するようになる。ある日、テイラーたちに襲われたバーバラを家に送り届けたソフィアは、バーバラが決して上がろうとしない2階のある部屋で、彼女が避けてきたものを目撃する。バーバラの秘密を知ったソフィアは彼女の力になりたいと思うが、バーバラは聞く耳を持たない。モル先生はカレンから事情を聞き、バーバラに「巨人はいない。現実から目を逸らすな」と語り掛ける。バーバラはパニックを起こし、嵐の中に飛び出して行く。そして、荒れ狂う波間から巨人が現れ、彼女に襲い掛かる……。