クララ（マッケンジー・フォイ）は愛する母を亡くして以来、心を閉ざしていた。クリスマス・イヴ、クララは鍵のかかった卵型の入れ物をもらう。母の遺した「あなたに必要なものはすべてこの中にある」という言葉の意味を知るために、クララは鍵を探し始める。その晩、名付け親であるドロッセルマイヤー（モーガン・フリーマン）のクリスマス・パーティーに行ったクララは、彼からのプレゼントを受け取る糸をたどるゲームに参加すると、いつの間にか不思議な世界へ足を踏み入れてしまう。鍵を探すクララは、息を呑むほど美しくて幻想的な世界へ迷い込む。それは、色とりどりの花と緑で覆われた“花の国”、キャンディやマシュマロでできた“お菓子の国”、雪と氷がクリスタルのように輝く“雪の国”、そして謎の多い“第4の国”からなる秘密の王国だった。そこでプリンセスと呼ばれて戸惑うクララだったが、この世界を創り上げたのが亡き母であったことを知る。しかし、第4の国を支配するマザー・ジンジャー（ヘレン・ミレン）が反乱を起こし、王国は存亡の危機に瀕していた。母が愛した王国を救うため、クララは心優しいくるみ割り人形のフィリップとともに、第4の国に旅立つ。それは、この美しい世界に隠された真実を探す旅の始まりでもあった……。