長引く不況によって壊滅的な財政破綻に陥り、治安が急激に悪化。弱体化した日本政府に代わって、黒田源一（阿部祐二）率いる巨大多国籍企業、黒田財閥が台頭。その一方で、黒田財閥が国家転覆を企んでいるという噂も一部では囁かれていた。実は、黒田財閥は天才科学者・別府数馬（鳥肌実）を秘密兵器として、ある目的のため、人身売買を行なって人体実験を繰り返していたのだ。その真相を突き止めるため、政府は御影万作（ルー大柴）を総司令官に、非合法活動を専門に扱う特殊任務部隊“極楽”を組織。さらに、極楽が秘密裏に結成したのが、特殊忍者部隊“LADY NINJA”だった。黒田財閥との闘いに挑むのは、御影亜矢（葉加瀬マイ）や九条小夏（赤井沙希）たちLADY NINJA。数々の強敵や死と隣り合わせの事件が、彼女たちを待ち受ける。その先に待ち受ける真実とは……？