魔術師〈マスター〉と英霊〈サーヴァント〉が願望機“聖杯”をめぐり戦う“聖杯戦争”。10年ぶりに冬木市で始まった戦争は、聖杯戦争の御三家と言われた間桐家の当主・間桐臓硯（声：津嘉山正種）の参戦により、歪み始めていく。臓硯はサーヴァントとして真アサシンを召喚。正体不明の影が町に蠢き、次々とマスターとサーヴァントが倒れる。マスターとして戦いに加わっていた衛宮士郎（声：杉山紀彰）もまた傷つき、サーヴァントのセイバーを失ってしまう。だが、士郎は間桐桜（声：下屋則子）を守るため、その戦いから降りようとはしなかった。そんな士郎の身を案じる桜だが、彼女もまた、魔術師の宿命に捕らわれていくのだった……。