幼い頃から妖怪を見ることができる妖力を持つ夏目貴志（声：神谷浩史）は、今は亡き祖母レイコ（声：小林沙苗）がかつて負かした妖（あやかし）に名前を書かせた契約書の束・友人帳を受け継いで以来、用心棒のニャンコ先生（声：井上和彦）とともに妖たちに名前を返す日々を送っている。ある日、夏目は小学校時代の同級生・結城（声：村瀬歩）と再会。夏目の中で妖にまつわる苦い記憶が蘇ってくる。また時を同じくして、名前を返した妖の記憶の中に出てきた津村容莉枝（声：島本須美）という女性と出会う。一人息子の椋雄（声：高良健吾）と穏やかに暮らす切り絵作家である彼女は、レイコとも面識があった。容莉枝や椋雄との交流に心を和ませる夏目だったが、二人が住む町には謎の妖が潜んでいる模様。妖について調べた帰り、ニャンコ先生の体についていた妖の種が藤原家の庭先で一夜にして木となり、実をつける。どことなく自分と似た形をしたその実をニャンコ先生が口にしたところ、ニャンコ先生が3つに分裂してしまう。