暴走するメイクーモンは、暗黒進化したテイルモンを吸収、強大な力を持つオルディネモンに姿を変える。世界の崩壊を目論むイグドラシルの思惑通り、現実世界がデジタルワールドに呑み込まれようとしているのだ。絶望が迫りくるなか、選ばれし子どもたちは懸命に前を向こうとしていた。太一のいない今、代わりになれるのはヤマト（声：細谷佳正）しかいない。世界を救うためにやるべきことがあるとガブモン（声：山口眞弓）はヤマトを力づけ、アグモン（声：坂本千夏）は、行方不明になった太一は必ず戻ってくると信じている。一方、ホメオスタシスはもはや手のつけられなくなったオルディネモンを処分するため、現実世界を巻き込む最終計画を実行に移そうとしていた。何とか破滅を食い止めようと、子どもたちとパートナーデジモンは必死の戦いを続ける。「すべての光はメイクーモンの中に……」テイルモンの声が、失意に沈むヒカリ（声：M・A・O）に届く。やがて、子どもたちに最後の決断を下す時が訪れる……。