ルルーシュ(声：福山潤)は、仮面の反逆者ゼロとして反ブリタニア勢力・黒の騎士団を増強。一方、スザク(声：櫻井孝宏)は、ユーフェミア(声：南央美)の騎士に任じられる。そんななか、エリア11副総督としてユーフェミアが行政特区日本の発足を発表。その実現は、黒の騎士団の存在意義の消失を意味していた。状況を打開するため、ユーフェミアとの面会を試みるルルーシュだったが、これが新たな悲劇の幕開けとなってしまう。結果的に、黒の騎士団を中心とした反乱戦争“ブラックリベリオン”は失敗に終わり、囚われたルルーシュは仮面と記憶を奪われ、“ニセの記憶”という檻に閉じ込められてしまう。そしてスザクは、守るべきユーフェミアを失い、神聖ブリタニア皇帝直属の騎士部隊ナイトオブラウンズの一員となる。そんな二人を中心に、世界は再び動き始める……。