9世紀のアイルランド。ケルズ修道院ではバイキングの襲来に備え、周囲の塀を作る大規模な工事が続いていた。ここで暮らす12歳のブレンダン(声：エヴァン・マクガイア)は、赤ん坊の時に親をバイキングに殺され、おじであるケルアッハ修道院長(声：ブレンダン・グリーソン)に育てられてきた。ブレンダンは修道院を出ることを院長に禁じられているが、外の世界への好奇心を押さえることができないでいた。そんなある日、バイキングに襲われたスコットランドのアイオナ島から高名な修道士エイダン(声：ミック・ラリー)が、一冊の『聖なる書』を携え逃れて来る。その本には隠された知恵と力が秘められていた。本を完成させるためブレンダンは、インクの原料となるある植物の実を探しに不思議な生き物が隠れ住む魔法の森へと向かう。オオカミの妖精アシュリン(声：クリステン・ムーニー)の助けを得て、ブレンダンは無事に実を持ち帰るが、バイキングの襲来がケルズにも迫っていた。ブレンダンは本の力によって迫りくる闇を打ち砕き、世界に光を取り戻すことができるのか……。