ゲンナイの姿をした謎の男によって、パートナーである望月芽心(声：荒川美穂)が傷つけられる姿を見たメイクーモンは再び暴走。西島大吾(声：浪川大輔)と望月博士のもとに現れたハックモンが、現実世界へ消えたメイクーモンの真相を明らかにしていく。世界の調和を保とうとするホメオスタシス自身が、今や強大すぎる存在となったメイクーモンを危険とみなし、切り捨てようとしているのだという。暴走するメイクーモンの出現によって、現実世界崩壊へのカウントダウンが始まる。いたる所で次々と異変が発生。歪みを通して現れたデジモンたちは、その時が来るのを待ちうける。一方、選ばれし子どもたちは、変調をきたしたデジタルワールドから疎外され、現実世界に戻ってきてからもパートナーデジモンと共にいるがゆえに人々に追われる。一同が孤立無援となりながらも必死に打開策を探るなか、ひとり思い悩み続ける芽心。あまりにも大きな荷を負い打ちひしがれる彼女には、仲間やデジモンたちの声も届かなかった。やがて、その過酷な運命は、誰よりも真っすぐで繊細な魂を持つ八神ヒカリ(声：M・A・O)のもとにも迫ってくる……。