突然、空を覆い尽くさんばかりの超巨大浮遊要塞が飛来して総攻撃を開始。世界の大都市が壊滅状態に陥ってしまう。宝生永夢（飯島寛騎）＝仮面ライダーエグゼイドとラッキー（岐洲匠）たち宇宙戦隊キュウレンジャーがこれを迎え撃つが、圧倒的な大きさと数を有する謎の敵に、全く歯が立たない。その窮地を救ったのは、死んだはずの九条貴利矢（小野塚勇人）と、見たこともないヒーローたちだった。敵はどこから、一体何のためにやって来たのか？命を落としたはずの者たちが、なぜ再び現れたのか？そして、勝利の行方は……？この途方もない強敵に打ち勝つには、ヒーローたちが新たな力を手にすることが必要だった。異空間でレベルアップを繰り返し、“最強”を超えた“最強”のヒーローが誕生する時、想像を絶する奇跡が起こる……。