怪奇現象追跡サイトSSPのメンバーのもとに、ウルトラマンエックスが宿る変身アイテム・エクスデバイザーが届く。敵の罠により特殊防衛チーム・Xioの隊員・大空大地(高橋健介)とウルトラマンエックスのユナイトが解除され、大地は行方不明になってしまい、ウルトラマンエックスはSSPとクレナイガイ(石黒英雄)に彼の捜索を依頼。その裏で、美しいものを宝石に変えてコレクションしている邪悪な宇宙魔女賊ムルナウ(椿鬼奴)が、宇宙で最も邪悪な心を持つ者のもとをめぐるダークリングを手に入れていた。持ち主の能力を増幅させるそのリングを手に、ギンガとビクトリーを宝石に変えたムルナウの次の目的は、地球だった。そんなムルナウの背後では、ジャグラス ジャグラー(青柳尊哉)が暗躍。ついにエックスさえも宝石にされてしまい、オーブは地球の未来をかけ、闇の宇宙人軍団との史上最大の決戦に臨む。