メイクーモンの暴走、そして起きてしまったリブート。苦悩する望月芽心(声：荒川美穂)を残し、デジタルワールドへと向かう八神太一(声：花江夏樹)たち。だが再会したパートナーデジモンたちは、今までの記憶を全てなくしていた。それでも再び絆を築いていこうと選ばれし子どもたちは手を差し出し、デジモンたちもそれに応える。ところがピヨモンだけが、成長期に進化してもなお警戒心を露わにする。自分のことよりも先に他人を思いやる武ノ内空(声：三森すずこ)の優しさに不信感を抱いたのだ。傷つき立ちつくす空に、太一と石田ヤマト(声：細谷佳正)はかける言葉を見つけられない。そんななか、デジタルワールドでこの先どうすべきか、と相談していた一同の前に突如メイクーモンが姿を現しそして消えた。なぜか元の記憶を残し、芽心を探し涙を浮かべさまよいながら……。その姿を見て、子どもたちはメイクーモンを救うためにデジタルワールドを旅する決意を固めるのだった。だがそんな彼らの前に、ダークマスターズを従えたあの男が姿を現す……。一方その頃、現実世界で、太一のクラスの副担任・西島大吾(声：浪川大輔)は、姫川マキ(声：甲斐田裕子)が失踪したとの報せを受けていた。調査を始めた西島は、姫川のこれまでの行動の裏にある目的が隠されていたことを突き止める。それは、二人の運命を決定づけた過去の出来事へと繋がっていた……。