取り立て屋の野田勇次（田中要次）は優しい性格のせいで、社長から役立たずの烙印を押されている。楽しみといえば落語のテープを聴くことと、行きつけの古本屋に勤める三田カヲル（百合沙）に会うことだった。そんなある日、勇次らが暮らす街が突然巨大なフラスコに包まれ、外の世界と遮断されてしまう。フラスコの中の人々は謎の寄生生物に操られた戦闘マシン・ネクロボーグになり、街中で死闘を繰り広げていく。勇次はネクロボーグにされながらも自らの意志を保ち、行方不明のカヲルを探す。フラスコは誰が、何のためにつくったのか？ 勇次はカヲルを救うことができるのか？ そして、驚愕の真実が明らかになる……。