1918年、トム・シェアボーン(マイケル・ファスベンダー)は戦争の英雄として帰国したが、心に深い傷を負い、オーストラリア西部バルタジョウズ岬から160キロ離れた絶海に浮かぶ孤島ヤヌス島の灯台守の仕事に就く。3ヶ月後、正式採用となったトムは契約を結ぶためにバルタジョウズの町へと戻るが、そこで眩しいほどの生命力に輝く女性イザベル(アリシア・ヴィキャンデル)と出会う。束の間の休日をイザベルと過ごすことになったトムは、彼女も戦争で二人の兄を亡くしたことを知る。島に戻ったトムは、イザベルとの出会いが人生に光を取り戻させてくれたことに気付き、彼女に感謝の手紙を送る。二人は想いを綴った手紙をやり取りするうち、心を通い合わせ、やがてトムはイザベルにプロポーズ。二人は結ばれ、孤島での結婚生活を始める。二人にとって何者にも邪魔されない孤島での暮らしは楽園だったが、流産という試練がイザベルを襲う。一度目の流産を乗り越え、再び身籠るがまたも流産。そんな時、島に1隻のボートが流れ着く。中には既に事切れた男と女の子の赤ん坊が乗っていた。一晩赤ん坊と過ごしたイザベルは、もはやその子を手放すなど考えられなくなっていた。自分たちの子供として育てようという彼女の強い懇願に負けたトムは、男の遺体を埋める。2年後。赤ん坊にルーシーと名付けたイザベルとトムは、洗礼式のため、バルタジョウズへと向かうが、そこでトムは教会の墓の前でむせび泣く女性ハナ・ポッツ(レイチェル・ワイズ)を見かける。その墓は、ボートで海に消えたまま消息がわからなくなった彼女の夫と娘の墓だという。親の反対を押し切りドイツ人男性フランクと結婚したが、ドイツは敵国だった。ある時、戦争で家族を失った者たちにドイツ人という理由だけで絡まれたフランクは、生まれて間もない娘とボートに乗って海へ逃げたのだった。罪悪感に苛まれたトムは島に戻る前に「夫君は神の御許だが娘さんは大切にされている」とだけ記した匿名の手紙をハナの家に届ける。驚いたハナはその手紙を警察に持っていくが、何の手がかりもないまま時は過ぎた。2年後。トムは、ハナのことは自分だけの胸に秘め、イザベルには何も知らせていなかった。ある日、灯台建設40周年を祝う式典に出席するため、トムはイザベルとルーシーを連れ、バルタジョウズに渡る。式典の会場にはハナがいた。そしてついにイザベルも真実を知る。自分たちの行為の重大さにおののきながら対立するイザベルとトム。やがてトムは島へ戻る前にある行動をとるのだが……。