全米にフリーダム・サマー（自由の夏）が吹き荒れる64年6月、ミシシッピー州ジュサップの町で起きた3人の公民権運動家の失踪事件を重要視するＦＢＩは、2人の腕きき捜査官を現地に派遣した。元郡保安官でたたきあげのルパート・アンダーソン（ジーン・ハックマン）とハーバード大出のエリート、アラン・ウォード（ウィレム・デフォー）、この全てに対照的で時には対立さえする2人に対し、町の人々は非協力なだけでなく敵意さえも明らさまにする。そして少しでも彼らに協力的な態度を見せた人々は、何者かに家を焼かれたり、リンチにあい、再び口を重く閉ざすのだった。遅々として捜査は進まず、大掛かりな遺体の捜査も行われたが、手掛かりひとつ見つけることができない。焦立つウォードに対しアンダーソンは、保安官スタッキー（ゲイラード・サーテイン）とその助手ペル（ブラッド・ダリフ）の仲間たちが事件に関わっているという確信を抱き、ペルの妻（フランセス・マクドーマンド）を訪ねる。アンダーソンは、夫とこの町に嫌悪している彼女から事件の糸口を探ることができるのでは、と感じていたが、その間にもフリーダム・サマーの行進に参加した黒人青年が瀕死の重傷を負うリンチをうけ、またある黒人の家が焼き打ちにあった。だがこの現場を目撃した1人の少年の証言から、3人の容疑者が裁判にかけられるが、結果は不平等を極め判決は無罪同然、その直後、町のあちこちで焼き打ち行為が起き、目撃証言をした少年の家も焼かれ、彼の父親はリンチにあい木に吊るされる。この事件をきっかけに、アンダーソンはペルの妻からペルが失踪事件に関わっていること、そして3人の遺体が埋められた場所などを聞き出すが、彼女はそのことを知ったペルにめった打ちにされ重傷を負う。怒りに逆上するアンダーソンをなだめるウォードだが、やがてアンダーソンの提案する「ＦＢＩ的捜査」に同意する。容疑者と思われるグループを罠にかけ、その中でもとりわけ気の弱い者に脅しをかけて口を割らせるという思い切った手段だ。そして次々と事件に関与した人物たちの名前とその動機が明らかにされる。そうしてついに事件の核心は姿を見せた。しかしそれで全てが終わったわけではない。