巨大生物“怪獣”の出現と、その怪獣をも凌駕する究極の存在“ゴジラ”。半世紀に渡る怪獣との戦いの末、人類は敗走を重ね、ついに地球脱出を計画。そして2048年、中央政府管理下の人工知能による選別を受けた人間だけが、恒星間移民船“アラトラム号”で11.9光年の彼方にある“くじら座タウ星e”を目指して旅立った。しかし、20年かけて辿り着いたタウ星eは、予想を遥かに上回る地球との環境条件差により、人類が生存可能と言えるものではなかった。移民船に乗る青年ハルオ（声：宮野真守）は、4歳の時に目の前で両親をゴジラに殺され、20年もの間、地球に戻ってゴジラを倒すことだけを考え続けてきた。移民の可能性を閉ざされ、生存環境も劣悪となった船内では、ハルオを中心とした“地球帰還派”が主流となり、危険な長距離亜空間航行で地球を目指すことを決断する。だが、帰還した地球では既に2万年もの時間が経過。地上はゴジラを頂点とした生態系による未知の世界と化していた。果たして人類は地球を取り戻せるのか？そして、ハルオの運命は……？