あらゆる物質を260 分の1に縮小してしまうという“電磁物体縮小機”の研究に没頭しているサリンスキー（リック・モラニス）の研究室に、隣家のトンプソン夫妻（マット・フリューワー、クリスティン・サザーランド）の次男ロン（ジャレッド・ラッシュトン）の打った野球の球が飛び込み、そのはずみで縮小機が動き出した。そうとは知らないロンと兄のラス（トーマス・ブラウン）は、サリンスキーの娘エミー（エミー・オニール）と弟のニック（ロバート・オリヴェリ）と共に、球を拾いに研究室にやってきて、縮小機からの光を浴び、たちまち4人はミクロ・サイズに縮んでしまう。帰宅したサリンスキーは、何も知らずに研究室の掃除を始め、ゴミと共に子供たちを裏庭に捨ててしまうのだった。こうして4人の子供たちは、ジャングルと化してしまった裏庭で、家に帰りつくべく、悪戦苦闘の冒険を始めるのだった。一方サリンスキーは、研究室ですっかり小さくなってしまったソファーを発見し、研究の成功に狂喜するが、同時に子供たちも小さくなってしまったことを知り、慌てて妻のダイアン（マーシャ・ストラスマン）と共に裏庭を探し、帰って来ない息子たちを心配するトンプソン夫婦に事情を説明するのだった。一夜明け、愛犬フォークの活躍のおかげで家にたどりついた4人は、危ういところでサリンスキーに発見され、ミクロ化の逆のプロセスによって元に戻してもらう。こうしてこの出来事は、隣同士でいながら険悪だったサリンスキーとトンプソン家を和解させ、エミーとラスがデートの約束をするきっかけをもたらすのだった。