シュレッダー(フランソワ・ショウ)率るフット団を壊滅したものの、住家だった下水溝を破壊されたタートルズ(ミケランジェロ=ミケラン・システィ、ドナテルロ=リーフ・ティルデン、ラファエル=ケン・トローム、レオナルド=マーク・カーソ)と師匠のスプリンター(ケヴィン・クラッシュ)はテレビリポーター、エイプリル・オニール(ペイジ・ターコウ)のアパートに下宿していた。エイプリルはTGRI社の化学廃棄物処理をめぐってジョーダン・ペリー教授(デイヴィッド・ワーナー)に取材して疑惑を抱くが、一方ゴミ棄て場から甦って復讐を誓うシュレッダーは、廃棄物がタートルズらの突然変異の原因であることを察知、教授を誘拐し研究所から廃棄物の最後の一缶を盗み出した。早速タートルズはピザ配達の少年キノ(アーニー・レイズ・ジュニア)と共にフット団のアジトに潜入したが、待ち構えていたのは突然変異させられた2匹の巨獣トッカとレザーだった。辛くも教授を救って脱出したタートルズは、教授の開発したミュータント解毒剤を武器に水上ナイトクラブで怪物たちと対決する。戦闘を見守っていた人気ラッパーのバニラ・アイスはタートルズのリズムからヒントを得て『ニンジャ・ラップ』を生み出した。壮絶な戦いの末、怪物はもとの狼とスッポンに戻すことができたが、追いつめられたシュレッダーは自ら廃棄物を浴びて邪悪なミュータント、スーパーシュレッダーと化し、最後の戦いを挑む。しかし、タートルズは団結によって最強の敵をついに打ち負かすのだった。