アマゾン流域の奥深いジャングルで、シャーマンのカラマカテ(ニルビオ・トーレス)は、侵略者によって滅ぼされた先住民族の村の唯一の生き残りとして、他者と交わることなく孤独に生きていた。ある日、重篤な病に侵されたドイツ人民族学者テオ(ヤン・ベイヴート)が彼を頼ってやってくる。白人を忌み嫌うカラマカテは、一度は治療を拒む。しかし、病を治す唯一の手段となる幻の聖なる植物ヤクルナを求めて、カヌーを漕ぎ出す。数十年後、カラマカテ(アントニオ・ボリバル・サルバドール)は孤独によって記憶や感情を失っていた。そして、ヤクルナを求めるアメリカ人植物学者エヴァン(ブリオン・デイビス)との出会いによって再び旅に出る。過去と現在、二つの時が交錯するなか、カラマカテたちは狂気、幻影、混沌が蔓延するアマゾンの深部を遡上していく。彼らが向かう闇の奥には一体なにがあるのか……。