地球連邦とジオン公国が戦った一年戦争の末期である宇宙世紀0079年。ジオン軍の攻撃によりサイド4のスペースコロニー群ムーアは破壊され、多くの住人が命を落とした。暗礁宙域では破壊されたコロニーや撃沈された戦艦の残骸が無数に漂い、それらがぶつかり合い帯電することによって絶えず稲妻が閃くようになり、いつしかそこは“サンダーボルト宙域”と呼ばれるようになった。ムーア市民の生き残りで構成された地球連邦軍所属部隊ムーア同胞団は、故郷であったサンダーボルト宙域の奪還を悲願とし、宙域のジオン軍殲滅を目論んでいた。連邦の進軍を足止めしようとするジオン軍も、義肢兵の戦闘データ採取を目的に設立されたリビング・デッド師団を展開する。ムーア同胞団に所属しながら、故郷や自身の出自に束縛される事を疎ましく思うイオ・フレミング（声：中村悠一）と、過去の戦闘により両足を失い、今はリビング・デッド師団でエーススナイパーとして活躍するダリル・ローレンツ（木村良平）は戦場で対峙し、二人が殺し合う宿命であることを悟る。