メイクーモンが突如異変を起こし、レオモンを消滅させてゆがみの向こう側へその姿を消したことで、動揺を隠せない八神太一(声：花江夏樹)たち。理論派の泉光子郎(声：田村睦心)は、その想像を超えた状況に直面しながらも、何か対策を取れないかと苦闘する。しかし有効な手立てもなく、なんとか情報を得ようと望月芽心(声：荒川美穂)を問い詰めるが、芽心はうなだれ、何も答えることが出来ない。そんな中、感染を防ぐために光子郎のオフィスに隔離されていた高石タケル(声：榎木淳弥)のパートナーデジモン、パタモンに感染の兆候が見え始める。時を同じくしてアグモンたちは、ヒカリに宿った声を通してデジタルワールドに関する重大な秘密を告げられる。「時が……迫る……」やがて、再び姿を現したメイクーモンとのバトルの中で、その“時”は訪れるのだった。明かされた秘密に苦悩する太一たち。「いつかなんて待ってたら、あっという間に大人になっちまうよな……」それぞれの想いが交錯する中、彼らはある決意をするのだが……。