宇宙世紀0077年の“暁の蜂起”のあと、シャア(声:池田秀一)は地球に向かい、カジノを渡り歩くギャンブラーが連れていた不思議な力を持つインド出身の少女、ララァ・スン(早見沙織)と出会う。一方、RX-78開発計画を推進するアムロ(古谷徹)の父テム・レイ(坂口候一)は、ジオンのモビルスーツ開発の重要人物、ミノフスキー博士(坂東尚樹)の亡命の報せを受け、月を目指す。月面のトワイライトゾーンで、人類史上初のモビルスーツの死闘が繰り広げられる。そして宇宙世紀0079年、地球から最も遠い宇宙都市サイド3はジオン公国を名乗り、地球連邦政府に独立戦争を挑む。人類が総人口の半分を失う、動乱の時代が幕を開ける。