平和を守る「アベンジャーズ」の戦いは、アメリカ国内のみならず全世界に広がり、多くの人々を救ってきた。だがその反面、国境を軽々と飛び越える戦いがもたらす被害も甚大になってゆく。やがて、世界中で巻き起こるアベンジャーズを危険視する声。ついに彼らは、国際的な政府組織の管理下に置かれ、無許可での活動を禁止される。アイアンマンとして数多くの人々を救いながらも、一般市民を危険に晒したという罪の意識を持つトニー・スターク（ロバート・ダウニー・Jr）は、これに賛成。しかし、自由を重んじるキャプテン・アメリカことスティーブ・ロジャース（クリス・エヴァンス）は、そんなトニーに失望する。両者の対立がエスカレートする中、事態は大きく動く。ウィーンの政府組織の本拠地でテロ事件が発生。その犯人としてキャプテン・アメリカのかつての親友、ウィンター・ソルジャーことバッキー・バーンズ（セバスチャン・スタン）が指名手配されたのだ。アイアンマンと彼を支持するブラック・ウィドウ（スカーレット・ヨハンソン）は、政府組織の指示を受けてウィンター・ソルジャーの捜索を開始。その頃、キャプテン・アメリカは、過去を共にした親友バッキーか、それとも未来を共にするアイアンマンたちか、二つの友情の間で葛藤していた。そんな彼に味方するのは、ファルコン（アンソニー・マッキー）、ホークアイ（ジェレミー・レナー）、スカーレット・ウィッチ（エリザベス・オルセン）たち。アイアンマンの傍にも、ウォーマシンこと長年の友人ローズ（ドン・チードル）、その戦いを支え続けた人工知能ジャーヴィスが進化したヴィジョン（ポール・ベタニー）がいた。さらに、復讐のためにウィンター・ソルジャーを追うブラックパンサー（チャドウィック・ボーズマン）もこれに加わる。こうして、アイアンマンとキャプテン・アメリカを中心に、アベンジャーズを二分する壮絶な戦いが幕を開ける……。