全国でも珍しい男女共学の全寮制進学校・ナスカ学園。高校2年のレイ（声：逢坂良太）、アンナ（瀬戸麻沙美）、タイラ（柿原徹也）、ハル（金元寿子）、エイスケ（羽多野渉）の5人組は、“ある場所”に行った生徒たちが急に天才的な頭脳に変わってしまうという不思議な噂を耳にする。ある朝、そこへ行ったというハルの妹に原因不明の異変が起きたため、専門家による退行催眠をかける。すると妹は、グレイという宇宙人にアブダクション（拉致）され、脳に特殊なチップを埋め込まれていたことがわかる。5人はハルの妹を助けるため宇宙人の存在を証明しようと立ち上がるが、次々と謎の事件に巻き込まれる。学園に接近する幾種類もの宇宙人の狙いとはなにか？ そして、日本や地球に迫る危機の真相と、未来への希望が明らかになる……。