八神太一ら“選ばれし子どもたち”が、異世界・デジタルワールドへ渡ったあの夏の冒険から6年、そして、八神ヒカリたちとベリアルヴァンデモンとの最後の戦いから3年の月日が流れた。平穏な毎日が続くなか、デジタルワールドへのゲートはいつの間には閉ざされてしまっていたが、選ばれし子どもたちにもその原因は分からなかった。ある日、お台場に突如出現したクワガーモンの暴走で街は破壊され、人々は大混乱に陥る。17歳になった太一（声：花江夏樹）はクワガーモンを偶然見かけ、その暴走を止めようと一人で追いかける。しかし、クワガーモンと対峙するが、どうすることもできない。クワガーモンが咆哮とともに太一に襲い掛かった瞬間、デジヴァイスが大きな光を放ち始める。「太一、でっかくなったなーっ！」懐かしいあの声とともに、物語は再び動き始める……。