「史上最恐の劇場版」での出来事から1年半が経つが、異世界に飲みこまれた工藤(大迫茂生)と市川(久保山智夏)は、いまだに行方不明となっている。そしてそれと同時に、新宿の上空に、巨人が突如出現する。政府当局による調査の結果、危険性はないと判断され、現在はその異様な存在を無視して、人々は日常生活を送っている。一方、ひとりでこちらの世界に残された田代(白石晃士)は、巨人の謎を解明し、工藤と市川を救い出すために調査を続けていた。そして、都内各所で発見されている不気味な人形が巨人に関連していると推測するが、決定的な証拠にはたどり着けずにいた。そんな田代の前に、ある男が現れるが……。