長い戦争を経て高度成長を遂げた新時代。七代目火影・うずまきナルト（声：竹内順子）が統治する木ノ葉隠れの里を中心に、新たな忍を育てる“中忍選抜試験”が5つの里合同で開催されようとしていた。里の手練場で修業に明け暮れる3人一組の下忍たち。ナルトに憧れるサスケ（声：杉山紀彰）の娘サラダ（声：菊地こころ）。多くの謎を持つ超優秀なミツキ（声：木島隆一）。そして、豊かな才能を持つナルトの息子ボルト（声：三瓶由布子）。だがボルトは、多忙さから家族と過ごす時間もないナルトを、寂しさから忌み嫌い、“クソオヤジ”呼ばわりするようになっていた。そんなある夜、異空間での任務に当たっていたサスケが、危険が迫っていることを知らせにナルトの元を訪れる。“ナルト唯一のライバル”とサラダから聞いてサスケに憧れていたボルトは、父親の弱点を知ろうと弟子入りを志願。友の状況を悟ったサスケは、“ある条件”付きで師匠になることを約束する。ナルトに実力を見せつけるため、サラダやミツキと共に中忍選抜試験への出願を決意するボルト。知能勝負の一次試験、チームワーク勝負の二次試験と難関を次々に突破。三次試験の個人戦コロシアムでは、各里の長である五影が見守る中、ついにシカマルの息子であるシカダイ（声：小野賢章）と激突する。その時、空間が捻じ曲がるほどの大爆発が。禍々しい雰囲気を纏って現れたのは、モモシキ（声：浪川大輔）とキンシキ（声：安元洋貴）と名乗る二人組。彼らは、両手に宿した輪廻眼を操り、執拗にナルトの命を狙う。何もできずに立ちすくむボルトを守るサスケ。それを背にして立ち塞がったナルトは、モモシキが放った術とともに消えてしまう。ボルトに微笑みを残して……。父親が歩んできた道、そしてその想いを初めて知ったボルト。その小さな姿にかつてのナルトを見たサスケ、そして五影と共に、ボルトは強大な敵が待つ異空間へ決死の覚悟で挑む……！