大学に入学したジョシュ・ウィートン（シェーン・ハーパー）は、ニーチェ、カミュ、フロイト、チョムスキーなど、無神論者を信奉する哲学クラスのラディソン教授（ケヴィン・ソルボ）に信仰心を試されることになる。授業の初日から、神の存在を否定する宣言書を提出するよう生徒に強要するラディソン。単位を落としたくない生徒たちは、言われた通りに書いて提出するが、どうしても受け入れることが出来ないジョシュはこれを拒否。そんなジョシュに“ならば神の存在を全生徒の前で証明しろ”とラディソンが迫る。追いつめられたジョシュは、信仰心と自分の将来、どちらを取るかの選択を迫られることになる……。19世紀、哲学者ニーチェが著作『悦ばしき知識』で“神は死んだ”と宣言して200年以上。果たしてジョシュは、神の存在を証明出来るのだろうか……？