ペット・ショップを襲った泥棒の手から逃け出したセントバーナードの子犬が、ニュートン家に飛び込んでくる。清潔好きで犬嫌いのパパ、ジョージ（チャールズ・グローディン）は、妻アリス（ボニー・ハント）や3人の子供たちに哀願され、しぶしぶ子犬を飼うことを承知する。音楽好きで、ベートーヴェンと名付けられた子犬は、日に日に大きくなっていく。やんちゃな彼の所業に怒ったパパは、裏庭に柵を作って隔離するが、ベートーヴェンは地下道を掘って、自由に町を闊歩する。逃亡仲間のブルテリアの世話を焼いたり、長女ライス（ニコール・トム）の恋の仲介をしたり、弟のテッド（クリストファー・キャスティール）のガードマンを務めたりと、大忙しのベートーヴェン。予防注射の日、パパは、獣医バーニック（ディーン・ジョーンズ）から、セントバーナードに流行っている奇病の話を聞き驚くが、実はバーニックはペット泥棒の親玉で、実験動物としてベートーヴェンに目を付け、ありもしない話を吹き込んだのった。パパの会社の事業拡大のため、ママも会社に出勤することになり、ベビー・シッターが雇われるが、彼女が目を離したスキに、末っ子のエミリー（サラ・ローズ・カー）がプールに落ち、ベートーヴェンが助ける。その日の午後、出資者と称し、会社を乗っ取ろうと企てる夫婦がニュートン家を訪れるが、ベートーヴェンが邪魔して契約をぶち壊す。そこへバーニックがやって来て、ベートーヴェンを挑発し、襲われたように見せかけ、彼の言葉を信じたパパはベートーヴェンを彼の手に渡す。バーニックの陰媒に気づいたパパは、ベートーヴェンを救うため、一味の秘密倉庫に向かった。仲間のブルテリアが実験に連れていかれそうになり、ベートーヴェンはバーニックに襲いかかる。その時、パパが屋根を突き破って乱入する。同時にママたちが乗った車も突っ込んで来て、衝撃のために宙を舞った注射器がバーニックの胸に刺さり、ダウン。解放された犬たちとベートーヴェンは、一緒にニュートン家で暮らすのであった。