フロリダ。キーズ諸島はその夏赤潮に襲われて魚は全滅、漁師たちは食べるのにも困り、毎日ボートを走らせ漁場を探し求めていた。折も折、島は大ハリケーンに襲われ、島民は家や持船を失った。島の漁師リックス（チャック・コナーズ）は、翌日船を修理するために本土へ渡り、息子サンディー（ルーク・ハルピン）は母親マーサ（キャスリーン・マガイア）とともに家の修理に追われていた。そんなある日サンディーは、銛に撃たれて流れついたイルカをみつけ、自宅のいけすに運び、餌を与え回復につとめた。イルカはサンディーにすっかりなつき、元気を回復した。サンディーとイルカは堅い友情に結ばれ、イルカの名をフリッパーとつけた。が家に帰った父リックスは無理矢理フリッパーを海に放り出した。何週間か過ぎ、フリッパーを忘れられぬサンディーは1人海に出たが、そこでフリッパーに会った。フリッパーはサンディーを素晴しい漁場に案内した。サンディーとリックスは早々漁場にかけつけ、久しぶりに大漁の魚をいけすに放した。しかし翌日フリッパーはいけすの柵を躍り越え魚を1匹残らず食べてしまった。フリッパーを探して1人海へ出たサンディーはまたフリッパーに出会い、別の漁場に案内された。父の怒りを恐れたサンディーは1人引き返して必死に魚を獲るうち、フカの群れに囲まれた。が急を知ってとびこんで来たフリッパーの活躍でサンディーは難を逃れて海に浮び上がった。が、そこには何も知らぬリックスの怒りに狂った顔があった。しかし、サンディーから事情を聞いたリックスは、自分の非を知り、自分のいけすの隣にフリッパーのためのプールをつくり、フリッパーとサンディーとの友情が変わらぬことを祈るのだった。