ピーター・バニング（ロビン・ウィリアムズ）は仕事中毒と言うべき40歳の企業付弁護士。妻モイラ（キャロライン・グッドール）、11歳のジャック（チャーリー・コースモ）、7歳のマギー（アンバー・スコット）という家族がいる。子供たちは四六時中仕事にかまけているピーターのことが大いに不満だ。ジャックが楽しみにしていた少年野球の応援もすっぽかした。クリスマス休暇に、バニング一家はモイラの祖母でピーターを孤児院から救ったというウェンディ（マギー・スミス）をロンドンに訪ねる。一家はウェンディの邸宅でしばらく暮らすことになるが、ある夜大人たちが外出先から帰ると、子供たちの姿はなく、ドアには脅迫文があった。「親愛なるピーター、子供を助けたければ姿を現わせ。ジェームズ・フック」何が起こったか見当もつかないピーターに、ウェンディが真実を告げる。ピーターはウェンディが孤児院から救ったのではなく、本当はネヴァーランドからやって来た永遠の子ども〈ピーターパン〉だったのだと。信じられない思いのピーターの前に、小さな妖精ティンカーベル（ジュリア・ロバーツ）が現れる。ティンクはピーターをシーツにくるみ、ネヴァーランドへ向けて飛び立つ。島に着いたピーターを待っていたのは、腹心スミー（ボブ・ホスキンス）を従えた残忍なフック船長（ダスティン・ホフマン）だった。子供たちを前に、ティンクはピーターがピーターパンだと3日以内に証明してみせると言う。はずみで海中に転落したピーターは島の反対側に流れ着き、迷子の少年たちの助けを借りて、ピーターパンとなる特訓を受ける。約束の3日目、ついにピーターパンとしての記憶を取り戻したピーターは空を飛び、フック船長を倒し、無事に子供たちを救出した。そしてロンドンで目を覚ましたピーターと子供たちは、ネヴァーランドでの出来事を思い返すのだった。