ＦＢＩアカデミーの訓練生クラリス（ジョディ・フォスター）は、若い女性の皮を剥いで死体を川に流す連続殺人死バッファロー・ビルの捜査に手詰まりを感じたＦＢＩ上司ジャック（スコット・グレン）の密命を帯び、州立の精神病院を訪れる。それは、患者を9人も殺してそこに隔離される食人嗜好の天才精神科医ハンニバル・レクター博士（アンソニー・ホプキンス）に、バッファロー・ビルの心理を読み解いてもらうためだった。初めはレクターの明晰さに同居する薄気味悪さにたじろいだクラリスも、自分への相手の興味を利用し、自分の過去を語るのとひきかえに、事件捜査の手掛かりを博士から少しずつではあったが、抽き出すことに成功するようになる。曰く、犯人は自分がかつて手がけた一患者を想わせる、犯人は2階建ての家を持っている、最初に殺害された女の身辺に手掛かりはないか…。そんな時、捜査態勢が急転直下、変貌する。上院議員の愛娘キャサリン（ブルック・スミス）が、バッファロー・ビルと思われる者に誘拐されたのだ。また、精神病院院長のチルトン博士（アンソニー・ヒールド）も、クラリスがレクター博士と接触する理由に気づき、自分の出世欲のために、レクター博士を牢内から出し、彼の陣頭指揮の下に、大々的に捜査を始めることに協力する。やがてレクターは捜査官に最後の手がかりを語った後、隙を見て精神病院職員を襲い、まんまと脱獄に成功、姿をくらましてしまう。一方、クラリスも最初に殺害された女性の親交関係を洗ううち、犯人を確定、犯人の所在を確認したという上司ジャックの連絡を受け、自分も現場に急行すると応える。だが、クラリスが赴いた不気味な一軒家には、ＦＢＩの仲間はいなかった。しかし彼女は勇を鼓して犯人の家に単独で入る。が、ちょっとしたスキに犯人に家の奥へと逃げられてしまう。クラリスが犯人を追って奥へ奥へと進むうち、家の地下室の古井戸の底深くに閉じ込められた娘を発見、じき救出すると約束して犯人を追う。やがて入り込んでゆく暗闇。だが犯人は既に赤外線眼鏡を装着し、息を呑んで自分を捜す彼女の一挙手一投足を手中にしている。緊迫の持続。だが犯人が銃を装着する音をさせた瞬間に、クラリスは犯人の位置を確認、見事な連続射撃によって犯人を射殺する。そしてＦＢＩ訓練生の卒業式。バッファロー・ビル事件解決の功労者として栄誉の只中にいるクラリスは、いまだ行方不明のレクター博士から犯行予言の電話を受けるのだった。