世界屈指の平和な国・東ドロアの歌手クイーン=マルタ(声：皆瀬まりか)が隣国・西ドロアで暗殺され、この事件を契機に東西ドロアは一触即発の緊張状態が続いていた。そんな中、東ドロアに潜入したルパン三世(声：栗田貫一)と次元大介(声：小林清志)は、秘宝“リトルコメット”を盗み出すが、何故か行く先々に警察が待ち構えていた。彼らの目をかいくぐり逃走するルパンと次元だったが、どこからも死角のはずのビル影から飛び出した瞬間、一発の銃弾が次元を襲う。次元は自分の身体を貫いた弾丸を見て、それが西ドロアで暗殺されたクイーン=マルタを撃った弾丸と同じものだと気付く。ルパンとともに墓地を訪れた次元は、そこに『次元大介』の名が記された墓を発見。ターゲットの墓を事前に用意する殺し屋・ヤエル奥崎(声：広瀬彰勇)の噂を次元は耳にしていた。その男に墓を用意され生き延びた者はいないという。だがヤエル奥崎は個人的な意思では動かない。背後には依頼主がいるはずだと次元は考えるのだった。その頃、峰不二子(声：沢城みゆき)はある獲物を狙い秘密クラブへ潜入するが、オーナーに見つかり捕らえられてしまう。一方、ルパンと次元は墓に残された花を手掛かりに、ヤエル奥崎のアジトを特定、潜入に成功する。武器工房のような一室にモニターがあり、そこには囚われた不二子の姿があった。驚く二人の前に、ヤエル奥崎が姿を現す。ついに対決の時を迎える二人のガンマン、ヤエル奥崎と次元大介。一瞬の間。そして空気を切り裂き銃声が響いた……。