CIAを辞め、海軍学校の教官となったジャック・ライアン（ハリソン・フォード）は、妻で眼科医のキャシー（アン・アーチャー）、ひとり娘のサリー（ソーラ・バーチ）と仕事を兼ねた休暇旅行のためロンドンにいた。英国海軍大学でのスピーチを終えたジャックは、妻子が待つバッキンガム宮殿へ向かうが、その時テロリストが1台の車を襲撃するところに出くわす。本能的にテロリストに立ち向かい負傷しながらもひとりを射殺、駆けつけた警官によりテロリストのひとり、ショーン・ミラー（ショーン・ビーン）が逮捕された。殺されたのはショーンの弟だった。ジャックが救ったのは皇太后の従弟ホームズ卿（ジェームズ・フォックス）一家で、彼はサーの称号を送られることになった。1カ月あまりのイギリス滞在を終え、自宅に戻ったジャック一家。そんな彼らを追いかけるようにIRA幹部パディ・オニール（リチャード・ハリス）も資金集めのためアメリカへやってきた。一方その頃、テロリスト集団のリーダー、ケヴィン・オドンネル（パトリック・バーギン）と、赤毛の美人アネット（ポーリー・ウォーカー）らは別の警察署へ護送中のショーンを奪還。ショーン逃走のニュースはCIAのグーリア提督（ジェームズ・アール・ジョーンズ）にも届いた。ある日授業を終えたジャックは不審な男に襲われ、危機一髪で海軍兵に助けられる。妻子の危険を察知したジャックは猛スピードで家路をたどるが、アメリカへ潜入していたケヴィンがキャシーとサリーをハイウェイ上で狙撃、車はコンクリート壁に激突してしまう。一命はとりとめたがサリーは重体のまま。怒りにうち震れるジャックはCIAへ赴き、テロリストの行方を追うことになった。CIAではテロリスト担当の専門家がショーンたちの行方を追い、衛星などの情報や「一味に女が絡んでいる」とのジャックの証言から北アフリカに訓練キャンプがあるのではないかとにらみ、ジャックの元にもパディから例の女が写っている写真が届けられた。CIAはキャンプ襲撃に乗り出すが、ケヴィンらは一足早く脱出、再びアメリカへと向かっていた。嵐の中、訪米中のホームズ卿はライアン家で叙勲式を行うが、ここにもケヴィンらの手が伸び、ジャックらは命からがら海へ逃げ出す。弟の復讐に怒り狂うショーンはケヴィンとアネットを射殺、ジャックに襲いかかるが、海上での死闘の末ジャックはケヴィンを倒すのだった。