海明星の白凰女学院高等部に通う加藤茉莉香(声：小松未可子)は、学業、宇宙ヨット部部長、喫茶店ランプ館でのアルバイト、さらに宇宙海賊船・弁天丸の船長と多忙な日々を過ごしている。高等部1年の春、亡くなった父の跡を継いで、弁天丸の船長に就任、政府発行の“私掠船免状”を持った合法の宇宙海賊なのだ。3年生への進級を間近にした春休みのある日、豪華客船ビギン・ザ・ビギン号での海賊営業の仕事を請けた茉莉香は、乗客リストの中に超VIPの証しである銀河パス所有者・無限彼方(声：下田麻美)の名を発見する。彼は怪しげな男たちに追われ、父・無限博士から送られてきたオウム型ロボットのフリントとともに逃亡を続けていた。茉莉香は“亜空間ダイバー”無限博士との約束を果たすため、海賊ショーの最中、彼方に語りかける。「亜空の流れ、その果ては何色か……?」やがて、茉莉香と彼方は、弁天丸に乗り込み宇宙を旅することになるが……。