元治元年三月――幕末。文が途絶えた父の行方を追い、男の姿で一人京の都を訪れた少女・雪村千鶴(声：桑島法子）は、月明かりもない闇の中、路地裏で見知らぬ浪人に襲われ逃げる最中、人間とは思えない異形の者に遭遇。そしてその異形の者を新選組が一撃で斬り捨てる。父を探すという共通の目的のため、新選組に身を置くことになった千鶴だったが、新選組の持つ闇や己の出自に関わる秘密を知ることに……。そんな中、鳥羽伏見の戦いから撤退した新選組は甲陽鎮撫隊として甲府に赴く。悪化する戦況の中、方針の食い違いから、己の志に従い新選組と違う道を選ぶ隊士も出始めていた。千鶴は、新選組と共に生きることを選ぶが、そんな千鶴に対し土方歳三(声：三木眞一郎)もある決意を固めていた……。