自分が魔女であること以外、記憶を持たない女・ベヨネッタ(声：田中敦子)。両手両足に銃火器を装備し、打撃と同時に銃弾を撃ち出す魔女一族に伝わる格闘術“バレットアーツ”を得意とし、自身の髪の毛に魔の力を宿して放つ魔術“ウィケッドウィーブ”は、強大な魔獣を現世に顕現させて天使たちを片っ端から食い尽くす。襲い来る天使を狩る日々を送っていたベヨネッタは、ある日突如舞い込んだ情報により、失われた記憶を求めて宗教都市ヴィグリッドへと旅立つこととなる。そこには過去の記憶を呼び覚ます数奇なる出会いが待ち受けていた。漆黒の四丁拳銃を愛用し、ベヨネッタの過去を仄めかす妖しい女・ジャンヌ(声：園崎未恵)、ベヨネッタを執拗に付け回すジャーナリスト・ルカ(声：浪川大輔)、そして彼女をマミーと呼んで懐いてくる幼い少女・セレッサ(声：沢城みゆき)。ベヨネッタの失われた記憶には何が隠されているのか。そしてその先に待ち受けている彼女の運命とは……。